Software Engineer für klinische‑ und Genomik‑Datenpipelines (d/w/m) Charité Comprehensive Cancer Center

Software Engineer für klinische‑ und Genomik‑Datenpipelines (d/w/m) Charité Comprehensive Cancer Center

Fachgebiet

Hämatologie und Onkologie

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Arbeitszeit

Vollzeit

Eintrittsdatum

schnellstmöglich

Dauer der Anstellung

Befristet

Bewerbungsfrist

12.06.2026

Einsatzort Charité

Campus Charité Mitte

Kennziffer

7321

Entgeltgruppe

E13

Arbeiten an der Charité

Wir suchen im Rahmen des Charité Comprehensive Cancer Centers (CCCC) am Standort Berlin Unterstützung und bieten:

Gestaltungsspielraum in einem anspruchsvollen, abwechslungsreichen, internationalen und freundlichen Arbeitsumfeld in einem zukunftsweisenden Feld der Krankenversorgung

Die Möglichkeit, wichtige Beiträge zur datengetriebenen und patientenzentrierten Krebsmedizin zu leisten

Arbeit in einem engagierten, interdisziplinärem Team, das Wissen aus (Bio)Informatik, Medizin und Forschung kombiniert

Flexible Arbeitszeiten und Möglichkeiten zur teilweisen Arbeit im Homeoffice

Die Stelle im Überblick

Im Rahmen Ihrer Tätigkeit leisten sie einen wichtigen Beitrag zur Nutzbarmachung medizinischer Routinedaten für die Krebsforschung. Ihr Aufgabengebiet umfasst insbesondere:

Entwicklung & Betrieb von ETL‑Pipelines in Python (Pandas, Pydantic, FastAPI u.Ä.) zur Verarbeitung klinischer und genomischer Daten

Betreuung von Multi‑Workflow‑Systemen auf HPC‑Infrastruktur (SLURM) für groß‑skalierte Datenübertragungen in den Bereichen Onkologie und seltene Erkrankungen

Monitoring & Reporting der Pipeline‑Ergebnisse: wöchentliche Kontrolle der Fall‑Readiness, Identifikation von Datenqualitätsproblemen, fehlenden Datensätzen und Engpässen

Technische Verantwortung für das Dokumentationssystem des Molekularen Tumor Boards: Konfiguration, Updates, Fehlersuche und Koordination mit Anbieter und klinischen Anwendern

Entwicklung von Anonymisierungs‑ und Pseudonymisierungs‑Workflows für Forschungsprojekte im Bereich der personalisierten Medizin

Danach suchen wir

Erfolgreich abgeschlossenes Studium (Master oder Diplom) der Informatik oder einer vergleichbaren Fachrichtung (z.B. Medizininformatik oder Bioinformatik) bzw. vergleich- und belegbare Erfahrungen notwendig

Sehr gute Python‑Kenntnisse (Erfahrung mit Pandas, Pydantic, FastAPI oder vergleichbaren Frameworks) notwendig

Sicherer Umgang mit Linux/HPC‑Umgebungen und Job‑Scheduler SLURM

Nachweisbare Erfahrung in der Erstellung gut strukturierter und dokumentierter Quellcodes; gute Kenntnisse in Git sind erforderlich

Kenntnisse über wichtige Standards der Tumordokumentation wie Health Level 7 (HL7), der onkologischen Basisdokumentation sowie klinischer Studiendatenbanken wünschenswert

Verhandlungssichere Kommunikationsfähigkeiten in Deutsch notwendig, gute Englischkenntnisse von Vorteil

Selbstständige, zuverlässige und effiziente Arbeitsweise

Das bringt die Charité mit

Eine hoch professionelle Zusammenarbeit in einem motivierten und interdisziplinären Team

Eine zukunftsorientierte, abwechslungsreiche und anspruchsvolle Tätigkeit mit hoher Eigenverantwortung und persönlichem Handlungsspielraum

Umfangreiche kostenfreie Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten bis hin zum Studium

Eine zusätzliche Absicherung im Alter durch unsere betriebliche Altersvorsorge

Seit 2007 zertifiziert als familiengerechte Hochschule und familiengerechtes Unternehmen - Weitere Informationen finden Sie hier

Informationen zur Stelle

Entgeltgruppe E13 TVöD VKA-K. Hier finden Sie alle Informationen zum Gehalt und Tarifvertrag

Die Arbeitszeit beträgt in Vollzeit mit 38,5 Wochenstunden.

Die Position ist bis zum 31.12.2029 befristet, da sie an die Projektlaufzeit gebunden ist